Al igual que la mayoría y más importantes universidades del mundo, la San Antonio Abad, paralela a su institución inició los estudios filosóficos. “Fue así como su Santidad el Papa Inocencio XII, expidió el 1° de marzo de 1692, en Santa María La Mayor, el Breve de creación Aerternae Sapientiae… , que otorgaba al Obispo del Cuzco, o a su Vicario General en lo espiritual… la facultad de conceder grados de Bachilleres, Licenciados, Maestros y Doctores en Filosofía y Sagrada Teología…“ .  De este modo, el 3 de noviembre de 1692 se confirió al Licenciado Francisco Gonzáles de la Guerra el grado de Maestro en Filosofía o Artes.

Desde entonces, Facultad, Especialidad, Departamento, Filosofía se ha mantenido vigente en el tiempo y el espacio, hasta finales de los sesenta del siglo pasado, cuando la Universidad fue intervenida por el gobierno militar de Velazco Alvarado, a través de la Comisión de Gobierno y Reorganización (COGOYRE) la misma que clausuró la Facultad de Letras y Ciencias Humanas y la Especialidad de Filosofía.

Entre muchos de sus principales profesores se encuentran los doctores: Vidal, Delgado, Castillo, después, Flórez, Gutiérrez, Tello, Durand, Dueñas Barrionuevo, Correa, entre los últimos.

Desde los noventas, en el Departamento Académico de Filosofía y Psicología se hicieron varios intentos por recuperar la profesionalización de Filosofía.  Primero fue en 1996, la Comisión de Elaboración del Proyecto de Creación de la Carrera Profesional de Filosofía, presidida por el Prof. Adrián Gonzáles Ochoa e integrada por los profesores Lucio Charca Puente de la Vega y Jaime Pilco Loaiza.  Luego en 2012, la Comisión de Reinicio y Formación en Estudios de Filosofía a Nivel de Licenciatura, presidida por el Prof. Jorge Ladrón de Guevara Orbegozo.  Finalmente, en 2014, la Comisión de Elaboración del Proyecto de Reinicio de Actividades de la Carrera Profesional de Filosofía, presidida por el Prof. Jaime Pilco Loaiza e integrada por los profesores Richard Suárez Sánchez, Anny Rivera Vargas, José Moriano Alendez y Patricia Ortega.

El Proyecto de 2014, luego de muchos y diversos pareceres de las autoridades de estamentos de los gobiernos universitarios, consigue ser aceptado.  Con Resolución N° CU-0149-2017-UNSAAC del 15 de mayo de 2017, el Consejo Universitario aprueba el reinicio de actividades de la Escuela Profesional de Filosofía.  A la fecha, octubre de 2017, la Escuela ingresa a su segundo semestre de funcionamiento.